公司工资分两账户发放是否合法，可依据相关法律法规分析。《中华人民共和国劳动法》第五十条明确“工资应以货币形式按月支付给劳动者本人，不得克扣或无故拖欠”，此条款强调支付形式与及时性，并未禁止多账户发放。但工资发放还需遵守税收和社保法规：《中华人民共和国个人所得税法》及其实施条例要求工资薪金所得依法缴纳个税，由公司代扣代缴，若拆分收入以降低应纳税所得额，即属违法；《社会保险法》规定社保缴费基数基于工资总额，若隐瞒部分收入压低基数，同样违法。因此，若分两账户发工资是为逃避税或社保，则违反《个人所得税法》《社会保险法》等法规，不合法；若为合理经营安排且合规纳税社保，则不违反《劳动法》第五十条精神。
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公司工资分两账户发是否合法，需结合具体情形判断：若目的是逃避税收或社保义务，则不合法，因可能降低员工个税应纳税所得额、压低社保缴费基数，损害权益；若因合理经营需求（如异地业务），且依法足额纳税社保、不损害权益，且发放总额、时间符合约定与法规，则一般合法。
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公司工资分两账户发存在法律风险：1.员工社保权益受损：仅以部分工资计缴社保基数（如员工月工资10000元，仅按5000元缴社保），会导致养老、医疗等待遇降低，养老金减少；2.税务风险：若拆分工资以“补贴”“报销”名义发放且未计入个税基数，员工可能被补缴税款、滞纳金或罚款，公司与员工均需承担责任，影响纳税信用。
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公司工资分两账户发的合法性，可能受以下特殊情形影响：1.跨地区经营或异地工作：公司因分支机构员工异地用资需求，分两地账户发工资，只要总额合规且依法足额纳税社保，属合理安排；2.员工与公司协商一致且无权益损害：员工主动同意分两账户发工资，公司仍按总额纳税社保，属双方真实意思表示且合规，合法；3.客观财务原因：如因业务账户结算需，拆分基本工资与绩效工资发放，无逃税或社保目的且发放合规，不违法。

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